1. El juez de la jurisdicción ordinaria carece de competencia para decidir sobre las solicitudes de otorgamiento del beneficio de renuncia a la persecución penal, pues esta controversia debe ser resuelta por la Sala de Definición de Situaciones Jurídicas de la Jurisdicción Especial para la Paz.
   
   
2. La Sala de Casación Penal de la Corte Suprema de Justicia carece de competencia para decidir sobre las solicitudes de sustitución de las sanciones penales impuestas y considera que este asunto debe ser resuelto por la Sala de Revisión del Tribunal para la Paz, a solicitud de la Sala de Definición de Situaciones Jurídicas de la Jurisdicción Especial para la Paz.
   
   
3. Las conductas consideradas delitos comunes ¿Cómo las cometidas por paramilitares, o por individuos vinculados con estos estos grupos? en ningún caso pueden ser objeto de amnistía de iure.

1. Las disposiciones creadas a partir del Acuerdo Final de Paz resultan aplicables a quienes se hayan acogido a lo dispuesto en la Ley 975 de 2005, siempre que: i. Se trate de conductas ií­citas cometidas antes de la entrada en vigor del Acuerdo; ii. Esas personas se encuentren dentro del ámbito de aplicación personal de la Ley 1820 de 2016 (artí­culos 15, 16, 17, 22 y 29); iii. Se trate de quienes incurrieron en delitos cometidos en el marco de disturbios o en el ejercicio de la protesta social; iv. O se trate de agentes del Estado condenados, procesados o señalados de cometer delitos por causa, con ocasión o en relación directa o indirecta con el conflicto armado.
   
   
2. El juez que conozca de la solicitud de libertad condicionada también tendrá que pronunciarse acerca de la conexidad procesal y sustancial de los delitos que se imputan al procesado. Según esto, es necesario establecer la relación entre el delito que se imputa al procesado y el delito polí­tico, para determinar si fue cometido por causa, con ocasión o en relación directa o indirecta con el conflicto armado, o por su pertenencia o colaboración con el grupo armado en rebelión.

No es procedente la aplicación de la amnistía de iure para conductas tí­picas que sean investigadas o juzgadas por autoridades judiciales distintas a las colombianas, como es el caso de los delitos por los cuales se solicita la extradición por parte de otro Estado.

1. No es procedente conceder el beneficio de la revocatoria o suspensión de la medida de aseguramiento de detención preventiva cuando se pretenda obtener la libertad de un agente del Estado porque: 1. Dicha libertad puede preservarse mediante la suspensión de las órdenes de captura; y 2. Si se acepta la procedencia de la revocatoria o sustitución de la medida de aseguramiento de agentes del Estado que se encuentran en libertad, se irá en contra del trato equitativo y simétrico al no estar prevista esta medida para los miembros de las FARC-EP.
   
   
2. No es procedente la suspensión del trámite del recurso de casación en vista de que dicha determinación solo podría considerarse como consecuencia de la libertad transitoria, condicionada y anticipada, que en el presente caso no es concedida.
   
   
3. No procede la solicitud del beneficio de libertad transitoria, condicionada y anticipada a un juez distinto a aquel que avocó el conocimiento de la causa penal.

1. Improcedencia de la petición del beneficio de libertad transitoria, condicionada y anticipada para agentes del Estado, empleando como soporte del agotamiento del trámite administrativo la certificación expedida por el Secretario Ejecutivo de la Jurisdicción Especial para la Paz, para un proceso penal distinto adelantado en contra del mismo procesado.
   
   
2. No procede la solicitud del mecanismo de suspensión del proceso para agentes del Estado hasta tanto la Sala de Casación Penal se pronuncie acerca de la posibilidad de extenderles la aplicación del artículo 22 del Decreto 277 de 2017, en virtud del tratamiento diferenciado, simétrico, equitativo, equilibrado y simultáneo consagrado en el artículo 9o de la Ley 1820 de 2016. Sin embargo, aún si se llegará a considerar dicha extensión, sería necesario que ya se les hubiera concedido la libertad transitoria, condicionada y anticipada a los agentes del Estado.

No compete al juez de conocimiento conocer del recurso de apelación interpuesto en contra de la decisión adoptada por el juez de ejecución de penas que niega el beneficio de libertad condicionada, transitoria y anticipada. En este evento, debe aplicarse el numeral 6. del artículo 34 de la Ley 906 de 2004, en virtud del cual se establece que la competencia para conocer del recurso estará en cabeza de los tribunales superiores del distrito judicial.