La JEP está compuesta por tres Salas y un Tribunal para la Paz:

SALAS:

Están conformadas por un total de 18 magistrados titulares y 6 suplentes:

• Sala de Reconocimiento de Verdad, de Responsabilidad y de Determinación de los Hechos y Conductas: Le corresponderá decidir si los hechos atribuidos a las distintas personas son competencia del Sistema por haber sido cometidos por causa, con ocasión o con relación directa o indirecta con el conflicto armado interno; recibir informes que le presentarán algunos órganos por conductas ocurrida hasta el 1° de diciembre de 2016; recibir informes de las organizaciones de víctimas y de derechos humanos colombianos relativos a las conductas cometidas por causa, con ocasión o en relación directa o indirecta con el conflicto armado; recibir las declaraciones de aporte de verdad y reconocimiento de responsabilidad tanto individuales como colectivas; remitir a la Sala de Amnistía e Indulto el listado de las personas beneficiadas con tales medidas; presentar resoluciones de conclusiones ante la sección de primera instancia del Tribunal para la Paz para casos de reconocimiento de verdad y responsabilidad, con la identificación de los casos más graves y representativos, la individualización de las responsabilidades, la calificación jurídica de las conductas, los reconocimientos de verdad y responsabilidad y el proyecto de sanción propuesto.  
  
  
• Sala de Definición de Situaciones Jurídicas: Se encargará de definir la situación jurídica de quienes no sean objeto de amnistía o indulto ni serán incluidas en resolución de conclusiones; definir el tratamiento que se dará a las sentencias previamente proferidas por la justicia respecto a las personas objeto de la Jurisdicción Especial para la Paz; determinar los posibles mecanismos procesales de selección y priorización para quienes no reconozcan verdad y responsabilidad; calificar la relación de la conducta con el conflicto armado para el ejercicio de sus funciones; definir la situación jurídica de las personas que, sin pertenecer a una organización rebelde, tengan una investigación en curso por las conductas que sean competencia de la Jurisdicción Especial para la Paz.
  
  
• Sala de Amnistía o Indulto: Será la encargada de otorgar amnistía o indulto en casos de personas condenadas o investigadas por delitos admistiables e indultables, de oficio o a petición de parte. Cuando la petición de amnistía o indulto verse sobre conductas no indultable ni admistiables, la Sala remitirá el caso a la Sala de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad.

TRIBUNAL PARA LA PAZ:

Es el órgano de cierre y la máxima instancia de la JEP. Cuenta con 20 magistrados colombianos titulares y 7 suplentes.

Estará conformada por cuatro secciones que empezarán a funcionar desde el primer momento de operación de la JEP, y otra que se establecerá cuando esta culmine sus funciones:

• Sección de Primera Instancia con Reconocimiento de Responsabilidad: Cuando haya reconocimiento de responsabilidad, proferirá sentencias e impondrá sanciones propias en contra de los acusados.
• Sección de Primera Instancia sin Reconocimiento de Responsabilidad: Cuando no haya reconocimiento de responsabilidad, se celebrarán juicios contradictorios y se proferirán sentencias, absolutorias o condenatorias. En las condenatorias, impondrá las sanciones alternativas u ordinarias correspondientes.
  
  
• Sección de Revisión de Sentencias: Cuando no proceda la renuncia a la persecución penal, a solicitud de la Sala de Definición de Situaciones Jurídicas, revisará las sentencias proferidas y decidirá sobre la sustitución de sanciones penales impuestas al interior de la Jurisdicción Ordinaria, imponiendo las sanciones propias o alternativas contempladas al interior de la Jurisdicción Especial para la Paz. Igualmente, conocerá en primera instancia de las acciones de tutela contra decisiones de la Jurisdicción, y excepcionalmente, revisará las resoluciones y sentencias de la JEP por las causales contenidas en el literal e del artículo 97 del Proyecto de Ley Estatutaria de Administración de Justicia en la Jurisdicción Especial para la Paz.
  
  
• Sección de Apelación: Decidirá de la impugnación de sentencias proferidas por cualquiera de las Secciones de primera instancia.
  
  
• Sección de Estabilidad y Eficiencia: Se establecerá después de que el Tribunal para la Paz haya concluido sus funciones, y su principal objetivo será garantizar la estabilidad y eficiencia de las resoluciones y sentencias adoptadas al interior de la Jurisdicción Especial para la Paz.

UNIDAD DE INVESTIGACIÓN Y ACUSACIÓN:

Estará integrada por un mínimo de 16 fiscales colombianos, que serán nombrados y posesionados por el Director de la Unidad. Adicionalmente, contará con un equipo de investigación especial para casos de violencia sexual.

Como director de esta Unidad se eligió a Giovanni Álvarez Santoyo. 

SECRETARÍA EJECUTIVA:

Se encargará de la administración, gestión y ejecución de los recursos de la Jurisdicción Especial para la Paz.

El Comité de Escogencia nombró como Secretario Ejecutivo titular a Néstor Raúl Correa, tras haber sido elegido de forma provisional por la Organización de las Naciones Unidas. El Secretario se posesionó el 2 de noviembre de 2017.