En  actuaciones  sometidas  a  la  Ley 906 de 2004: Será competente el juez de conocimiento si ya se radicó escrito de acusación o si se halla en etapa  de juzgamiento. En los demás casos, será competente el juez de control de garantías (artículo 11-a-2-b, Decreto 277 de 2017).

Será competente el funcionario que avocó conocimiento de la causa penal. Si el proceso se halla en la fase de juzgamiento, corresponde al juez de primera instancia; si se halla en apelación, al de segundo grado; y si se halla en casación, a la Corte (artículo 53, Ley 1820 de 2016)

Teniendo en cuenta la posesión de treinta y un (31) magistrados, del Secretario Ejecutivo, del Director de la Unidad de Investigación y Acusación, de cinco (5) fiscales, de todos los demás funcionarios de la JEP y las distintas preocupaciones señaladas por la ciudadanía respecto a su organización y entrada en funcionamiento, la  Corporación  Excelencia en la Justicia (CEJ), a través de su observatorio JEPVisible, se permite realizar las siguientes sugerencias y consideraciones a la Jurisdicción Especial para la Paz en adición a las realizadas previamente a través de los comunicados conjuntos con DeJusticia.

Los reglamentos constitucionales y el reglamento interno de la JEP. El artículo transitorio 12 del Acto Legislativo 01 de 2017 faculta a los magistrados de la JEP  para  adoptar su  propio reglamento. Así, este artículo indica en su inciso sexto lo siguiente:

Principales cambios luego del comunicado de la Corte Constitucional sobre la revisión del Acto Legislatio 01 de 2017 y del trámite del proyecto de Ley Estatutaria.

Marco Normativo sobre el órgano de gobierno y administración de la JEP.
Lecciones aprendidas - El órgano de gobierno y administración de la Rama Judicial.
Órganos de gobierno y administración en los Tribunales Internacionales.
Aspectos a tener en cuenta en la definición del órgano de Gobierno de la JEP.
Anexo: ӓrganos de gobierno y administración en Tribunales Internacionales